Essa é uma das fases mais importantes na vida do aluno, na qual são tomadas decisões que irão ser significativas no futuro, como a escolha da carreira. Nesse nível de ensino, o Colégio Integração intensifica o grau de exigência e de preparação, para que o aluno conquiste vagas nas melhores universidades e faculdades do país.
Para ampliar a preparação para os exames de admissão em Instituições de Educação Superior, o Colégio Integração oferece uma opção de Ensino Médio com carga horária ampliada. No Ensino Médio, ofertado no Colégio Integração, os alunos têm aulas de segunda a sexta-feira, das 7h40 às 12h00, e às segundas e sextas, das 13h15 às 17h10.